No todas las terminales tienen capacidad para transparencia (por ejemplo con xterm no es posible). Una de las terminales que maneja transparencia es "aterm", lo unico que se debe hacer es iniciar la terminal con el siguiente comando:
aterm -sb -sr -tr -fg white -sh 40 -bg black -sl 1000
Donde:
-sh es la cantidad de luminosidad/oscuridad del background, es el que da la transparencia.
-sb habilita el uso de scrollbar
-sr indica que se ponga un scrollbar a la derecha.
-fg define el color de la letra
-bg define el color de fondo
-sl define el numero de lineas que se deben guardar en el buffer de scrollback.